距TV版结局十年后，传奇战舰“抚子号”已退役。某日，一艘失控的无人战舰直冲火星基地，上面搭载的竟是十年前被认定战死的王牌驾驶员“暗黑王子”明人·高杉。明人失去记忆，且他的机体被检测出含有能侵蚀所有AI的“黑百合病毒”。前舰长尤里卡召回老战友，一边追查病毒来源，一边抵抗企图夺取病毒建立新秩序的激进组织。随着调查，他们发现明人是被克隆并植入了假记忆，真正的明人十年前就已牺牲。剧场版高潮中，克隆明人选择自爆机体销毁病毒，临终前说：“虽然我是假的，但想保护大家的心是真的。”尤里卡泪流满面。
情怀与创新并重的完美续篇，机战场面烧掉预算，情感刀片发得措手不及。克隆身份的哲学探讨让燃向剧情多了层悲凉。结尾彩蛋暗示初代明人可能未死，老粉狂喜，新粉也能沉浸于宏大太空歌剧。
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